Юр. лицо в ходит в группу компаний. Доменное имя не зарегистрировано на нас. Правомерно ли учесть затраты на создание сайта в части разработки личного кабинета и расчета калькулятора услуг? По сути несколько компаний пользуются одним и тем же сайтом.

Не вижу причин не учитывать. Если готовы объяснить экономическую оправданность расходов.
Ну и для того, чтобы понять как такие расходы учесть, (текущие, РБП, НМА) нужно смотреть договор с разработчиком и объем передаваемых заказчику прав.